MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Crinalium epipsammum PCC 9333 plasmid pCRI9333.05

Total Repeats: 218

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019736	ATG	2	6	1	6	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019736	TAC	2	6	1362	1367	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_019736	T	6	6	1370	1375	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019736	ATT	2	6	2336	2341	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019736	CA	3	6	2353	2358	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_019736	TTA	2	6	2683	2688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019736	TAG	2	6	2699	2704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019736	GTA	2	6	2852	2857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019736	TAAT	2	8	2866	2873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019736	AAT	2	6	3036	3041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019736	ATA	3	9	3047	3055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019736	TAC	2	6	3063	3068	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_019736	GCA	2	6	3076	3081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_019736	TAGA	2	8	3101	3108	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019736	ATA	2	6	3120	3125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019736	TA	3	6	3143	3148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019736	CAC	3	9	3692	3700	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_019736	CTG	2	6	3733	3738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_019736	ACA	2	6	3976	3981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_019736	ATG	2	6	3982	3987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019736	TGC	2	6	4007	4012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_019736	TAGT	2	8	4052	4059	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019736	GAA	2	6	4071	4076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019736	TAG	2	6	4103	4108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019736	AAT	2	6	4165	4170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019736	TGC	2	6	4175	4180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_019736	CTA	2	6	4183	4188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019736	TCAACA	2	12	4212	4223	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_019736	CTA	2	6	4285	4290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019736	CGG	2	6	4300	4305	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019736	AGT	2	6	4320	4325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019736	ATTT	2	8	4354	4361	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019736	TG	3	6	4419	4424	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019736	GCA	2	6	4434	4439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_019736	CT	3	6	4522	4527	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_019736	GA	3	6	4533	4538	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019736	ACC	2	6	4543	4548	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_019736	ACA	2	6	4632	4637	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_019736	AG	3	6	4694	4699	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019736	GCC	2	6	4711	4716	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_019736	CTG	2	6	4807	4812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_019736	AATTTC	2	12	4950	4961	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_019736	CGG	2	6	4978	4983	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_019736	A	6	6	5217	5222	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019736	GTC	3	9	5227	5235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_019736	ATG	2	6	5251	5256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019736	TCC	2	6	5273	5278	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_019736	CTC	2	6	5287	5292	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_019736	T	8	8	5318	5325	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019736	TGG	2	6	5376	5381	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019736	CCTTG	2	10	5400	5409	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_019736	ACT	2	6	5465	5470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_019736	CCT	2	6	5481	5486	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_019736	GCT	2	6	5526	5531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_019736	GAC	2	6	5571	5576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_019736	AGGA	2	8	5611	5618	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019736	TAA	2	6	6349	6354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019736	CTA	2	6	6358	6363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_019736	ATT	2	6	6412	6417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019736	CTC	2	6	6697	6702	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_019736	GTT	2	6	6736	6741	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019736	ATT	2	6	6759	6764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019736	TAA	2	6	6826	6831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019736	A	6	6	6844	6849	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019736	TGA	2	6	7200	7205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019736	GTGAG	2	10	7291	7300	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019736	T	6	6	7330	7335	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019736	CAA	2	6	7359	7364	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019736	T	6	6	7405	7410	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019736	TC	4	8	9890	9897	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_019736	CTC	2	6	9933	9938	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_019736	TCT	2	6	9942	9947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019736	AATA	2	8	9991	9998	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019736	TGT	2	6	11973	11978	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019736	AGT	2	6	11979	11984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019736	GTA	2	6	11996	12001	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019736	TAAT	2	8	12010	12017	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019736	ACT	2	6	12034	12039	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019736	ATT	2	6	12083	12088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019736	AG	4	8	12137	12144	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019736	CCT	2	6	12186	12191	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_019736	GAC	2	6	12213	12218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019736	ATA	2	6	12239	12244	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019736	CTTCT	2	10	12255	12264	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_019736	CTGG	2	8	12592	12599	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_019736	GATT	2	8	12638	12645	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019736	AAG	2	6	14078	14083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019736	AAGT	2	8	14124	14131	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019736	ATT	2	6	14169	14174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019736	AATT	2	8	14175	14182	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019736	AATC	2	8	14187	14194	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_019736	AGC	2	6	14232	14237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_019736	TA	3	6	14265	14270	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019736	TA	3	6	14277	14282	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019736	TA	4	8	14289	14296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019736	CTG	2	6	14409	14414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_019736	ATTTT	2	10	14446	14455	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019736	CAG	2	6	14457	14462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019736	T	9	9	14485	14493	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019736	A	6	6	14504	14509	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019736	GTG	2	6	14514	14519	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019736	GAC	2	6	14596	14601	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_019736	TCGT	2	8	14707	14714	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_019736	AAGA	2	8	14773	14780	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019736	GTA	2	6	14788	14793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019736	CAA	2	6	15848	15853	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_019736	AGCTTG	2	12	15856	15867	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_019736	CTT	2	6	15974	15979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_019736	TAC	2	6	15981	15986	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_019736	T	7	7	16055	16061	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019736	GT	3	6	16078	16083	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019736	GCA	2	6	16098	16103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_019736	AG	3	6	16145	16150	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019736	TGCAA	2	10	16181	16190	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_019736	A	6	6	16222	16227	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019736	CAA	2	6	16233	16238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019736	ACT	2	6	16307	16312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019736	TTAC	2	8	16317	16324	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_019736	GTT	2	6	16364	16369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019736	GCA	2	6	17018	17023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_019736	CAT	2	6	17074	17079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_019736	CTG	2	6	17091	17096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019736	AG	3	6	17134	17139	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019736	ATA	2	6	17146	17151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019736	TTCT	2	8	17186	17193	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_019736	TCCAA	2	10	17218	17227	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_019736	AGGT	2	8	17247	17254	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019736	TAA	2	6	17265	17270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019736	CTG	2	6	17276	17281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_019736	TTC	2	6	17348	17353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_019736	TCT	2	6	17362	17367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_019736	TGT	2	6	17390	17395	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019736	GAG	2	6	17490	17495	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019736	ATG	2	6	17496	17501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019736	TTG	2	6	17504	17509	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019736	AG	3	6	17525	17530	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019736	GAA	2	6	17605	17610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019736	A	6	6	18893	18898	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019736	T	6	6	18919	18924	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019736	CCT	2	6	19009	19014	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_019736	CGC	2	6	19055	19060	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_019736	TTGAC	2	10	19067	19076	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_019736	GTT	2	6	19098	19103	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019736	TTGA	2	8	19128	19135	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019736	TC	3	6	19143	19148	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_019736	TTC	2	6	19174	19179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_019736	T	6	6	19210	19215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019736	TGT	2	6	19226	19231	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019736	AG	3	6	19248	19253	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_019736	TA	3	6	19568	19573	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019736	ACC	2	6	19604	19609	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_019736	TGT	2	6	19620	19625	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019736	AGT	2	6	19705	19710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_019736	AGA	2	6	24077	24082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_019736	TA	3	6	25469	25474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_019736	TCC	2	6	25512	25517	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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162	NC_019736	AAT	2	6	25577	25582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_019736	TTA	2	6	25702	25707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_019736	T	6	6	25795	25800	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_019736	AATA	2	8	31104	31111	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_019736	TA	3	6	31110	31115	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_019736	GCC	2	6	31118	31123	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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187	NC_019736	AG	3	6	31204	31209	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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209	NC_019736	AC	3	6	35019	35024	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.